Integran el conjunto denominado Manzana Franciscana formado por la Iglesia, el Museo Arqueológico Inca Huasi, el Convento y la Escuela de San Francisco. Fue construida sobre las ruinas de la iglesia anterior derrumbada por el terremoto del 27 de octubre de 1894. El templo conserva las imágenes de San Francisco Solano y el Niño Alcalde quienes, veneradas por la fe popular, peregrinan cada segundo domingo de agosto hacia Las Padercitas